เซ็กซี่บาคาร่า KeyGene เสร็จสิ้นการประกอบจีโนมราสเบอร์รี่สีแดงในฤดูร้อนนี้ และส่งมอบผลลัพธ์สุดท้ายให้กับโปรแกรมการเพาะพันธุ์เบอร์รี่ของ BerryWorld Plus Ltd. โดยเสนอทรัพยากรจีโนมที่เป็นเอกลักษณ์และเป็นประโยชน์แก่ผู้เพาะพันธุ์ จีโนมอ้างอิงคุณภาพสูงนี้ถูกส่งหลังจาก Berry World Plus ชนะงาน Genome Insight ของ KeyGene ในเดือนมีนาคม
จีโนมราสเบอร์รี่แบบค่อยเป็นค่อยไป
แสดงให้เห็นว่าการอ่านแพลตฟอร์ม Oxford Nanopore มาอย่างยาวนาน รวมกับความเชี่ยวชาญของ KeyGene ในการสกัดดีเอ็นเอพืชและการวิเคราะห์ข้อมูลขั้นสูง ได้มอบวิธีการใหม่ๆ ในการทำแผนที่จีโนมของพืชผลใดๆ ในราคาประหยัด
การสกัด DNA ที่มีน้ำหนักโมเลกุลสูงของ KeyGene เริ่มต้นจากการเก็บเกี่ยววัสดุชีวภาพ ในขณะที่การแยกจีโนม DNA ที่มีความยาวและคุณภาพที่ดีนั้นเป็นสิ่งที่ท้าทาย KeyGene ได้พิสูจน์ความเชี่ยวชาญผ่านการทำงานเกี่ยวกับพืชผักและพืชไร่ที่หลากหลาย ห้องสมุดขนาดเศษยาวถูกสร้างขึ้นจากจีโนม DNA ห้องสมุดได้รับการจัดลำดับโดยใช้แพลตฟอร์ม PromethION ของ Oxford nanopore Technologies และสร้างความครอบคลุม >100X ของจีโนมด้วยการอ่าน 62 Kb N50
การอ่านที่ยาวเป็นพิเศษเหล่านี้ใช้สำหรับ ชุดประกอบ de novo เริ่มต้น ที่สร้าง 1.2 Mb contig N50 ซึ่งใหญ่กว่าจีโนมร่างที่เผยแพร่เมื่อต้นปีนี้ประมาณห้าเท่า จากนั้นจึงใช้ข้อมูล Hi-C ร่วมกับไปป์ไลน์ Proximo™ Hi-C จาก Phase Genomics ไปจนถึงเฟส จัดลำดับ และจัดแนวส่วนต่อให้เป็นโครงขนาดโครโมโซม การประกอบขั้นสุดท้ายส่งผลให้มีการประกอบทีละขั้นสองส่วน โดยแต่ละส่วนมีโครงนั่งร้านเจ็ดโครง ซึ่งสอดคล้องกับจำนวนโครโมโซมที่ราสเบอร์รี่มี
พบความสอดคล้องกันในระดับสูงเมื่อเปรียบเทียบแอสเซมบลีที่แบ่งเป็นสองช่วงกับจีโนมราสเบอร์รี่ที่เผยแพร่ ซึ่งแสดงความถูกต้องของโครงสร้างของแอสเซมบลีสุดท้าย การวิเคราะห์ความสมบูรณ์ของยีนของชุดประกอบโดยใช้การประเมินของ BUSCO ระบุประมาณ 94% ของชุดยีนที่อนุรักษ์ไว้
จีโนมอ้างอิงระดับโครโมโซมเป็นขั้นตอนที่สำคัญสำหรับการวิจัยเพื่อทำความเข้าใจกระบวนการทางชีววิทยาและสำหรับโปรแกรมการเพาะพันธุ์ พ่อพันธุ์แม่พันธุ์สามารถใช้มันเพื่อเลือกลักษณะเช่นสีหรือรสชาติเมื่อข้ามพืช ในกรณีของจีโนมเฮเทอโรไซกัส จีโนมแบบค่อยเป็นค่อยไปให้ข้อมูลที่สำคัญเกี่ยวกับฮาโพลไทป์ที่มียีนเป็นพื้นฐาน ข้อมูลดังกล่าวมีประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับลักษณะด้อย การทำแผนที่ของจีโนมนี้จะช่วยให้ BerryWorld Plus พัฒนาพันธุ์คุณภาพสูงได้เร็วและมีประสิทธิภาพมากขึ้น
“การเพาะพันธุ์พืชเป็นเกมตัวเลข” ดร. Guillaume Daverdin ผู้เพาะพันธุ์ราสเบอร์รี่ระดับโมเลกุลให้ความเห็น “ด้วยการใช้เครื่องมือระดับโมเลกุลและความเข้าใจด้านจีโนม เราจะสามารถเพิ่มจำนวนพืชที่คัดกรองในแต่ละปีได้อย่างมีนัยสำคัญ และเพิ่มโอกาสในการระบุพืชที่แสดงถึงการผสมผสานที่ลงตัวของลักษณะที่เรากำลังมองหา การกรองระดับโมเลกุลจะมีความสำคัญอย่างยิ่งในการยกเลิกการเลือกพืชที่มีแนวโน้มน้อยที่สุดนับร้อยนับพันอย่างรวดเร็ว ก่อนที่ส่วนที่เหลือจะได้รับการคัดเลือกโดยทีมผสมพันธุ์ของเรา”
แอพทำหน้าที่เป็นช่องทางการสื่อสารโดยตรง ซึ่งเป็นครั้งแรกที่จะเชื่อมโยงบริษัทเพาะพันธุ์เมล็ดพันธุ์กับบริษัทอาหาร สร้างภาษาที่เป็นหนึ่งเดียวสำหรับผู้มีส่วนได้ส่วนเสียทั้งหมดและตลอดการจัดหา…
คลิกเพื่อทวีต
ES: คุณมีนวัตกรรมที่น่าสนใจใดบ้างที่อยู่ระหว่างดำเนินการ
GS:เรากำลังดำเนินการเปลี่ยนแปลงหลายลักษณะของพืชตระกูลถั่ว นวัตกรรมของเราคือการสร้างผลิตภัณฑ์ที่ใช้แอพพลิเคชั่น (เมล็ด) ในถั่วเหลือง ถั่ว งา และถั่วชิกพี เราจะเพิ่มปริมาณโปรตีนมากกว่า 50% และเรากำลังดำเนินการปรับปรุงคะแนนกรดอะมิโน (โดยการค้นหาพันธุ์หายากที่มีคะแนนกรดอะมิโนที่ดีกว่าและผสมพันธุ์กับพันธุ์เชิงพาณิชย์) เราเชื่อว่าเราสามารถลดต้นทุนของโปรตีนจากพืชได้ และยังเป็นทางเลือกที่คุ้มค่าแทนโปรตีนจากเนื้อสัตว์ที่มีรสชาติและประโยชน์ใช้สอยที่ดีกว่า เราต้องการทำให้ตลาดชัดเจนว่าโปรตีนจากพืชอยู่ที่นี่เพื่อคงอยู่ และนี่ไม่ใช่เทรนด์
อย่างไรก็ตาม แม้จะมีเทคโนโลยีขั้นสูงและการทำงานในห้องปฏิบัติการที่น่าประทับใจ อุตสาหกรรมก็ยังต้องการพ่อพันธุ์แม่พันธุ์พืชเพื่อนำความรู้นั้นไปใช้ในภาคสนาม
“เราต้องการพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ที่มีความเข้าใจอย่างแท้จริงเกี่ยวกับพืชที่พวกเขากำลังทำงานด้วย” Leddin กล่าว
กระบวนการทำนาย
ในอดีต Bubeck กล่าวว่าบริษัทหลายแห่งใช้ข้อมูลปีเดียวเพื่อพัฒนาวัสดุจากขั้นตอนหนึ่งในท่อไปสู่ขั้นตอนถัดไป แต่การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศทำให้รูปแบบสภาพอากาศกระจัดกระจายมากขึ้น
“เราเชื่อว่าเราสร้างอุปสรรคสำหรับแนวโน้มสภาพภูมิอากาศโดยใช้การคาดการณ์หลายปีและท้ายที่สุดแล้วแผนการคัดเลือกหลายปีในภูมิศาสตร์ท้องถิ่นทำให้สามารถเลือกผลิตภัณฑ์ที่จะทำงานได้ดีที่สุดในฤดูกาลที่กำลังเติบโตในอนาคต” Bubeck กล่าว เซ็กซี่บาคาร่า
